সাইফ আলী খান ১৯৯১ সালে অভিনেত্রী অমৃতা সিংকে বিয়ে করেছিলেন। তাদের দুটি সন্তান—সারা ও ইব্রাহিম। ১৩ বছরের দাম্পত্য জীবনের পর ২০০৪ সালে তাদের বিবাহবিচ্ছেদ হয়। বিবাহবিচ্ছেদের পর সাইফ অমৃতাকে খোরপোশ বাবদ ৫ কোটি রুপি এবং ছেলে ইব্রাহিমের বয়স ১৮ বছর হওয়া পর্যন্ত প্রতি মাসে ১ লাখ রুপি করে দিতে সম্মত হন।

২০০৫ সালের একটি সাক্ষাৎকারে সাইফ আলী খান স্বীকার করেছিলেন, এই আর্থিক দায়িত্ব তার ওপর বেশ চাপ সৃষ্টি করেছিল। তিনি বলেছিলেন, ‘আমি শাহরুখ খান নই’—মানে তিনি বোঝাতে চেয়েছিলেন, তিনি শাহরুখের মতো ধনী নন। সেই সময় তিনি জানিয়েছিলেন,যে তিনি অর্ধেক অর্থ ইতিমধ্যেই পরিশোধ করে ফেলেছেন এবং বাকি টাকাটা তিনি সময়মতো মেটানোর জন্য প্রতিশ্রুতিবদ্ধ ছিলেন।

সাইফ আরো জানিয়েছিলেন, তিনি সন্তানের ভবিষ্যতের কথা ভেবেই কাজ করে যাচ্ছেন।
সিনেমা, বিজ্ঞাপন এবং মঞ্চ অনুষ্ঠানের সব আয় তিনি সন্তানদের ভবিষ্যতের জন্য রেখে দিচ্ছেন। এমনকি সে সময় তিনি নিজের জন্য খুব কমই অর্থ ব্যয় করতেন। তাদের পারিবারিক বাংলোটি অমৃতা ও সন্তানদের জন্য রেখে গিয়েছিলেন, যদিও তার চলে যাওয়ার পর সেখানে অন্য আত্মীয়রাও থাকতে শুরু করেন।

তবে বর্তমানে সাইফ এবং অমৃতা দুজনেই নিজেদের জীবন নতুনভাবে গুছিয়ে নিয়েছেন।
সাইফ ২০১২ সালে অভিনেত্রী কারিনা কাপুরকে বিয়ে করেন। অন্যদিকে, অমৃতা একাকী জীবনকেই বেছে নিয়েছেন। তিনি প্রায়ই তার সন্তান সারা ও ইব্রাহিমের সোশ্যাল মিডিয়া পোস্টে দেখা দেন, যা দেখে বোঝা যায় যে তিনি তার বর্তমান জীবন নিয়ে যথেষ্ট খুশি।